ให้ความรู้เกี่ยวกับมะนาว

นักวิจัยด้านการค้นพบยาของมหาวิทยาลัย Purdue ได้สร้างกรอบการทำงานใหม่สำหรับการขุดข้อมูลสำหรับการฝึกอบรมโมเดลแมชชีนเลิร์นนิง กรอบการทำงานที่เรียกว่าเลมอนช่วยให้นักวิจัยด้านยาสามารถขุดค้นฐานข้อมูลโปรตีน (PDB) ได้ดีขึ้น ซึ่งเป็นทรัพยากรที่ครอบคลุมซึ่งมีโครงสร้างทางชีวโมเลกุลมากกว่า 140,000 โครงสร้าง และมีการเปิดตัวใหม่ทุกสัปดาห์ งานนี้ตีพิมพ์ใน Bioinformaticsฉบับวันที่ 15 ตุลาคม "PDB เป็นเครื่องมือสำคัญสำหรับชุมชนผู้ค้นพบยา" Gaurav Chopra ผู้ช่วยศาสตราจารย์ด้านเคมีเชิงวิเคราะห์และฟิสิกส์ของ Purdue's College of Science ซึ่งทำงานร่วมกับนักวิจัยคนอื่นๆ ใน Purdue Institute for Drug Discovery และเป็นผู้นำทีมที่สร้าง Lemon กล่าว "ปัญหาคืออาจใช้เวลานานมหาศาลในการจัดเรียงข้อมูลที่สะสมไว้ทั้งหมด การเรียนรู้ด้วยเครื่องสามารถช่วยได้ มะนาว แต่คุณยังต้องการเฟรมเวิร์กที่แข็งแกร่งซึ่งคอมพิวเตอร์สามารถวิเคราะห์ข้อมูลได้อย่างรวดเร็วเพื่อช่วยในการสร้างความปลอดภัยและมีประสิทธิภาพ ยา" แพลตฟอร์มซอฟต์แวร์ Lemon เป็นไลบรารี C++11 ที่รวดเร็วพร้อมการเชื่อมโยง Python ที่ขุด PDB ภายในไม่กี่นาที การโหลดไฟล์ mmCIF ดั้งเดิมทั้งหมดใน PDB ใช้เวลาประมาณ 290 นาที แต่ Lemon ทำได้ภายในหกนาทีเมื่อใช้เวิร์กโฟลว์แบบธรรมดากับเครื่อง 8 คอร์ Lemon อนุญาตให้ผู้ใช้เขียนฟังก์ชันแบบกำหนดเอง รวมเป็นส่วนหนึ่งของชุดซอฟต์แวร์ และพัฒนาฟังก์ชันแบบกำหนดเองในลักษณะมาตรฐานเพื่อสร้างชุดข้อมูลเปรียบเทียบเฉพาะสำหรับชุมชนวิทยาศาสตร์ทั้งหมด Jonathan Fine นักศึกษาระดับปริญญาเอกสาขาเคมีที่ทำงานร่วมกับ Chopra เพื่อพัฒนาแพลตฟอร์มกล่าวว่า "โครงสร้างการทดลองที่ฝากไว้ใน PDB ส่งผลให้เกิดความก้าวหน้าหลายอย่างสำหรับชุมชนวิทยาศาสตร์และการศึกษาด้านชีววิทยาเชิงโครงสร้างและชีววิทยาเชิงคอมพิวเตอร์ ซึ่งช่วยพัฒนาการพัฒนายาและด้านอื่นๆ" "เราสร้างเลมอนให้เป็นร้านค้าแบบครบวงจรเพื่อขุดคลังข้อมูลทั้งหมดอย่างรวดเร็วและดึงข้อมูลทางชีววิทยาที่เป็นประโยชน์ซึ่งเป็นกุญแจสำคัญในการพัฒนายาออกมา" เลมอนได้ชื่อมาจากเดิมได้รับการออกแบบมาเพื่อสร้างชุดการเปรียบเทียบสำหรับซอฟต์แวร์การออกแบบยา และระบุเลมอน ซึ่งเป็นปฏิสัมพันธ์ทางชีวโมเลกุลที่ไม่สามารถสร้างแบบจำลองได้ดีใน PDB